31.08.2021

Биоинформатики Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ стали первыми российскими учеными, получившими грант Фонда Цукерберга на развитие своих проектов SPAdes и QUAST. Разработанные ими программы имеют открытый код и используются тысячами специалистов в области геномики по всему миру.

«Инициатива Чан — Цукерберга» (Chan Zuckerberg Initiative) — благотворительный фонд создателя Facebook Марка Цукерберга и его супруги Присциллы Чан, основанный в 2015 году. Его целью является помощь в решении сложных социальных проблем, среди которых искоренение болезней и повышение качества образования. Грант, который получил коллектив лаборатории «Центр алгоритмической биотехнологии» СПбГУ, направлен на поддержку программ с открытым исходным кодом, необходимых для биомедицинских исследований.

Лаборатория «Центр алгоритмической биотехнологии» была создана в СПбГУ в конце 2014 года в рамках проекта мегагрантов СПбГУ для решения важнейших вычислительных задач современной биомедицины. Флагманский продукт лаборатории — программа SPAdes (Saint Petersburg Assembler) — используется тысячами специалистов в области геномики по всему миру. Разработанная учеными Санкт-Петербургского университета программа восстанавливает полную первичную структуру геномной ДНК, то есть фактически расшифровывает генетический код.

QUAST (Quality Assessment Tool) — это программа, определяющая качество геномных сборок. Инструмент принимает несколько сборок, поэтому подходит в том числе для их сравнения. Таким образом, программы связаны логикой геномного проекта: оценка качества данных — сборка данных — оценка качества сборки — научный анализ.

«Это уникальный грант, аналогов которому нет. Он является признанием значимости для мировой науки пакета программ, созданных нашей лабораторией. Мало кто создает некоммерческие программы такого уровня и качества, а в России это без лишней скромности единственный бренд с десятками тысяч пользователей по всему миру и признанием лидерства обоих продуктов самыми строгими и придирчивыми экспертами» - заместитель директора Центра алгоритмической биотехнологии Института трансляционной биомедицины СПбГУ Алла Лапидус.

По ее словам, мало создать хороший продукт, его также нужно достойно поддерживать технически — это масштабная и дорогостоящая работа, требующая высокой квалификации участников. «SPAdes и QUAST являются программами с открытым исходным кодом, и компаниям невыгодно поддерживать их финансово. "Инициатива Чан — Цукерберга" тем и ценна, что при распределении грантов она учитывает не только роль научной составляющей, но и потребность в дорогой "ненаучной" составляющей, без которой науке не на что опираться», — отметила Алла Лапидус.

Грант будет выдан на два года, а его сумма составит около 150 000 долларов. Деньги поступят в Санкт-Петербургский государственный университет и будут потрачены исключительно на расходы в рамках работ по проекту.

По мнению сотрудника Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Антона Коробейникова, конкурс «Инициативы Чан — Цукерберга» существенным образом отличался от российских грантовых конкурсов.

«Здесь не надо было сразу подавать большую и подробную заявку. На первом этапе нужно было отправить так называемое письмо о намерениях, где коротко описывалась идея: что мы хотим сделать, почему, какую пользу это принесет биомедицинскому и научному сообществу» - сотрудник Центра алгоритмической биотехнологии СПбГУ Антон Коробейников.

«Всевозможные бюрократические нюансы и требования на этой стадии были минимизированы. Прошедших во второй раунд исследователей просили подать уже полноценную заявку», — рассказал он.

По словам Антона Коробейникова, большая часть поддержанных «Инициативой Чан — Цукерберга» проектов — это хорошо известные в своей области инструменты, которыми пользуются тысячи, если не десятки тысяч ученых. Показательно, что некоторыми из них он сам пользуется несколько раз в неделю.